Zeus ne perdit pas pour autant l'espoir de rejoindre Io. Il chargea Hermès d'éloigner Argos de la belle génisse. Le dieu fut obligé de se déguiser en berger pour endormir les soupçons du géant aux cent yeux, qu'il réussit cependant à endormir entièrement en lui racontant des histoires et en lui jouant des berceuses sur son pipeau. Dès que tous ses yeux furent clos, Hermès sortit son épée et en transperça le géant.
 
La mort d'Argos n'aida pas Zeus, car Héra, après avoir transporté les yeux de son serviteur sur la queue de son paon, envoya contre Io un taon qui l'empêchait de s'arrêter suffisamment longtemps pour que Zeus pût profaner sa virginité.
  
Elle se mit à errer à travers la terre, longea la mer Adriatique, donnant son nom au golfe Ionien. Ensuite, elle traversa la Scythie et le Caucase, longea la mer Noire et passa par le Bosphore (le passage de la vache, en souvenir d'elle). De là, elle se dirigea à l'est, vers le pays des Gorgones et des Grées, et arriva finalement en Egypte, où Zeus eut pitié d'elle, et où elle-même demanda grâce à Héra. Elle retrouva sa fourre humaine et fut adorée sous le nom de la déesse égyptienne Isis. Elle donna naissance à Epaphos, qui reçut lui aussi un culte.